Muzeyning fondi va ko`rgazma zallarida arxeologiya, numizmatika, tasviriy san`at, haykaltaroshlik va boshqa kolleksiyalarga tegishli 57000 dan ortiq qadimiy ashyolar saqlanadi. Barcha eksponatlar muzey fond bo`limiga biriktirilgan.
Arxeologiya muzeyining ilmiy kutubxonasi va arxivi Surxondaryo viloyati O`lkashunoslik Muzeyining kutubxona fondi bazasida tashkil etilgan va 16 000 dan ortiq nodir kitoblar, davriy nashrlar va arxiv hujjatlaridan tashkil topgan. Bu yerda arab, fors va Yevropa tillaridagi noyob qo`lyozma va toshbosma nashrlar saqlanadi.
Muzeyning ilmiy - ommabop bo`limida 15 xodim - ekskursovodlar, tarjimonlar, usta, musavvir-bezakchi, fotograflar xizmat qiladilar. Ularning asosiy vazifasi keng ommani va shahar mehmonlarini bu o`lkaning boy tarixi bilan tanishtirishdir. Ekskursiyalar o`zbek, rus, tojik, fors va ingliz tillarida olib boriladi.
Termiz Arxeologiya muzeyi quyidagi ilmiy bo`limlardan tashkil topgan:

1. Tosh va Bronza davri bo`limi.

2. Qadimgi Baqtriya va Ellinizm davri bo`limi.

3. Qadimgi Baqtriyaning Kushon davri madaniyati bo`limi.

4. Shimoliy Baqtriyaning ilk o`rta asrlar davri bo`limi.

5. Rivojlangan o`rta asrlar davri bo`limi.

6. Xonliklar davri bo`limi

7. Numizmatika bo`limi.

9. Qo`lyozmalar bilan ishlash sektori.